С 1994 года работал заместителем директора в лицее № 136 г. Уфы, в 1997 стал директором гимназии № 140. Уже через год был назначен Начальником управления образования (1998 – 2005 гг.), затем заместителем главы Администрации г. Уфы (2005-2006 гг.). В этот период была расширена сеть национальных образовательных учреждений. Так, были открыты башкирская, татарская, польская, марийская, армянская и чувашская воскресные школы. В 2000 году им была защищена кандидатская диссертация по педагогике.

В 2006 году был назначен Министром образования Республики Башкортостан. При его руководстве в сфере образования началась работа по переходу на нормативно-подушевое финансирование. Оно позволяло оптимизировать затраты, формировать бюджет образовательных учреждений на основе объективных потребностей в средствах, обеспечить прозрачность при формировании и прохождении финансовых потоков в сфере образования. Кроме этого проводилась работа по развитию национально-регионального компонента в педагогическом процессе, совершенствованию учебно-методической, материально-технической базы национальных образовательных учреждений, популяризации родных языков.

В настоящее время С.Б. Баязитов работает заместителем главы Администрации городского округа город Уфа Республики Башкортостан. Одним из самых крупных направлений, курируемых им, является сфера общего образования города Уфы. Под его руководством удалось вывести на новый качественный уровень систему информатизации школ города, развитие дистанционного, инклюзивного образования, модернизацию образовательных учреждений, научно-методическое сопровождение образовательного процесса.

Внедрены вариативные формы дошкольного образования: группы семейного воспитания, кратковременного пребывания различной направленности, предоставление дополнительных образовательных услуг детям-инвалидам. Увеличивается сеть негосударственных дошкольных образовательных учреждений. Реализованные инициативы способствуют инновационному развитию системы образования города. Ежегодно школы входят в число «Лучших школ России». С.Б. Баязитов был одним из инициаторов конкурса «Учитель года столицы Башкортостана», «Учитель года башкирского языка и литературы столицы Башкортостана», «Педагог-исследователь», «Учитель-мастер».

Большое внимание уделяется развитию библиотечной сферы столицы. Сегодня стали традиционно проводится конкурсы профессионального мастерства «Лучший библиотекарь столицы» и «Лучшая библиотека столицы». Идет активная работа по созданию Музея города Уфы. Одним из направлений работы С.Б. Баязитова является сфера опеки и попечительства. Управление по опеке и попечительству принимало участие в Конкурсах городов России «Город без сирот», «Дети разные важны», в которых Уфа заняла 1 место в онлайн-голосовании, призовые места среди административных центров субъектов РФ по содержанию конкурсных материалов.

Под его руководством в 2012 году был проведен молодежный саммит городов-миллионников. По итогам саммита была создана Молодежная ассоциация городов-миллионников России. В 2013 году Уфа приняла гостей Международного форума молодых журналистов, фотокорреспондентов и блогеров стран ШОС и городов-миллионников РФ. В 2014-м состоялся Молодежный антинаркотический волонтерский форум. В рамках форума состоялось открытие регионального отделения Всероссийского общественного движения «Стопнаркотик».

С.Б. Баязитов действительный муниципальный советник первого класса. Он Отличник образования Республики Башкортостан (2000),Почетный работник общего образования РФ (2002),Заслуженный работник народного образования Республики Башкортостан (2005), кавалер ордена Салавата Юлаева (2015). Автор монографии «Становление системы школьного образования в городе Уфе» и очерков «Система образования города Уфы: прошлое и настоящее».